Die heutige Stadt entwickelte sich am Fuße der alten Festung Samdrubtse, die 1363 erbaut und nach der die Stadt anfangs benannt war.
Bis ins 20. Jahrhundert hinein wurde sie meist einfach „Shigatse Dzong“ genannt. Bis Mitte des 17. Jahrhunderts war Shigatse Sitz der Könige von Tsang.