Die Basilica di San Francesco d'Assisi ist die Grablegungskirche des heiligen Franziskus von Assisi.
Die Basilika ist in Ober- und Unterkirche mit bedeutenden Malereien des Spätmittelalters, unter anderem des Giotto di Bondone, geschmückt. Sie wurde am 26. September 1997 bei einem Erdbeben schwerst beschädigt und mit enormem Aufwand wiederhergestellt.
Papst Benedikt XIV. erhob 1754 die Kirche zur Basilica maior.
Die Basilika San Francesco liegt am westlichen Ende der Ortschaft Assisi, direkt am Hang des Gebirgszuges Monte Subasio. Dieser etwas abseits gelegene Bereich war einstmals der Ort, wo Hinrichtungen stattgefunden hatten, im Volksmund auch Colle d’inferno (‚Höllenhügel‘) genannt. Hier wollte Franziskus begraben werden, in Erinnerung an Jesus, der ebenfalls an einer Hinrichtungsstätte (Golgota) außerhalb der Stadtmauer von Jerusalem den Tod fand.
Mit dem Bau der Basilika wurde im Juli 1228 begonnen, im Jahr der Heiligsprechung von Franziskus durch Papst Gregor IX., der den Bau der Grabeskirche des Heiligen angeregt hatte und am 17. Juli 1228 selbst den Grundstein legte. Der Kirchen-Komplex der Basilica San Francesco ist als Doppelkirche ausgeführt, mit der Oberkirche Basilica Superiore und einer Etage tiefer der Unterkirche Basilica Inferiore. Ob die Kirche mit Ober- und Unterkirche bereits von Anfang an so geplant war, oder ob sie einer Planänderung während des Baues oder gar in zeitlich unterschiedlichen Bauphasen errichtet wurde, wird in der Literatur noch diskutiert. Untrennbar mit diesen Kirchen verbunden ist das benachbarte Kloster, genannt Sacro Convento, das Mutterhaus aller Franziskanerklöster.
Die Idee zu diesem Komplex mit Unter- und Oberkirche wird auf Bruder Elias von Assisi zurückgeführt, der zunächst Generalvikar und ab 1232 Generalminister des Franziskanerordens war. Ihm oblag bis 1239 die Bauleitung.